El preu del Clickedu consta d'una quota inicial única de 2.500 €. Aquesta quota inclou la posada en marxa del mateix, la conversió i l'ajuda en la introducció de dades, l'adaptació d'informes i elements estadístics i la formació a la persona encarregada de l'aplicació per part de l'escola o institut. A més, una vegada es tingui el software funcionant es farà una sessió formativa per a tot el personal de l'escola.

Una vegada implementat el Clickedu, es pagarà una quota mensual pel manteniment de l’aplicació.
Aquest preu inclou el hosting de l'aplicació cosa que suposa que es pugui accedir al mateix des de qualsevol lloc amb connexió a internet per la qual cosa no es requereixen inversions en servidors i informàtics especialitzats en internet.
A més amb aquest preu s'inclou correu electrònic de tamany il·limitat i espai d'FTP per a tot el professorat.

Les futures actualitzacions i millores del programa són sense cap cost afegit.